编译：微科盟道友留步，编辑：微科盟木木夕、江舜尧。

导读

胞外DNA（eDNA）由细胞外所有DNA分子组成。微生态系统的这一组成部分可以作为营养和遗传信息的来源。高盐环境中的eDNA浓度是自然系统中最高的，这一现象可归因于盐的物理化学防腐作用和高病毒丰度。在本文中，我们比较了从太阳能盐场结晶池（CR30）水样中，采用离心和过滤两种方法提取溶解DNA（dDNA，与eDNA不同的是，eDNA还包括游离病毒DNA）的异同。本文首次对结晶dDNA片段进行了表征，并与同一位置的细胞和病毒宏基因组进行了比较。由于细胞裂解，高速离心影响了CR30-dDNA的浓度和组成，表明dDNA提取方案优化应是dDNA研究的第一步。相比之前报道的高盐缺氧沉积物，本研究的结晶dDNA的浓度更低，其混合了病毒和细胞来源，富含古细菌DNA，与同一样本的细胞组合相比，具有独特的分类组成。生信分析表明纳米盐古菌（nanohaloarchaeal）病毒可能是造成这些差异的原因。

论文ID

原名：Environmental dissolved DNA harbours meaningful biological informationon microbial community structure

译名：环境溶解DNA包含了微生物群落结构的重要生物信息

期刊：Environmental MicrobiologyIF：5.491

发表时间：2021.4

通讯作者：Fernando Santos

通讯作者单位：阿利坎特大学生理学、遗传学和微生物学系

实验设计1. 取样地点和样品处理：2019年5月，从位于西班牙阿利坎特圣波拉的CR30结晶器中采集了10升高盐水样。盐度为37%，用手动折射计进行现场测量，采样时的温度和pH值分别为26.5℃和7.11。样品在4℃下储存，直至处理。 2.溶解DNA纯化：用两种不同的方法纯化CR30-eDNA（图1），即离心后过滤（“C”方法，产生CdDNA）或单独过滤（“F”）（FdDNA）。C方案用于去除细胞和获取eDNA。第二个方案仅包括通过2、0.22和0.1μm滤器连续过滤5L高盐水过滤器。最后使用Amicon Ultra 100 kDa装置将CdDNA和FdDNA样品脱盐并浓缩至最终体积为15 ml。使用Qubit2.0荧光计和dsDNA高灵敏度试剂盒对dDNA组分中的核酸浓度进行定量。凝胶电泳测定CdDNA和FdDNA的尺寸范围。 3. 微生物和病毒DNA提取：应用Mutlu et al. (2008)描述的方案进行胞内DNA提取（iDNA），用341F和805R引物对两种iDNA的16S rRNA基因进行了部分扩增, 产物用Qiime分析；使用Santos等人（2010）中描述方案提取病毒DNA（vDNA），通过脉冲场凝胶电泳检查vDNA的大小范围，使用古菌16S rRNA基因引物进行PCR检查，所有提取的DNA用Qubit2.0定量。 4. 变性梯度凝胶电泳（DGGE）:用DGGE分析比较了iDNA、CdDNA和FdDNA中16S rRNA基因的表达谱。所有DNA均用引物对341fGC-907r（细菌）和344fGC-907r（古菌）进行PCR扩增;纯化PCR产物并使用Nano DropND-1000分光光度计进行定量；在60℃、70v的D-编码系统（Bio-Rad）中进行16h的电泳。最后，凝胶用10倍SybrGreen染色15分钟，用milli-Q水（2×15分钟），并在Typhoon 9410图像分析仪中可视化；对CdDNA、FdDNA、iDNA和vDNA样品的总DNA进行测序；获得的宏基因组之间的相似性通过self-BLASTN比较进行估计；读取的GC含量分布是通过定制Linux命令和RNAscan获得的；用BLAST法检测iDNA和FdDNA中的病毒序列，并与vDNA的读长进行比较；为了确定2019年5月采集的CR30样本中估计的病毒活性和丰度是否在结晶器中常见，构建了ORFs开放阅读框。文中所有原始序列数据集已上次NBCI数据库，生物项目登记号为PRJNA713327。