3 病毒对溶解DNA池的影响

与iDNA相比，FdDNA中纳米盐古菌序列的比例更高，这可能是由于DNA主动释放到细胞外培养基、细胞裂解率高（由病毒或抗菌化合物（如卤素）诱导），或两者兼而有之。为了确定纳米盐古病毒是否能够塑造溶解的DNA池，我们通过从CR30元基因组(iDNA)中检索它们的相关读长来估计CR30样本中NHV-1病毒的活性。这些序列代表在宿主内活跃复制的NHV-1病毒，占iDNA读数的0.042%（表S4）。当该值与相应的基因组大小进行标准化时，在所有先前描述的盐病毒中，NHV-1是iDNA中最丰富的病毒群（表2）。其他丰富的病毒包括eHP-6、eHP-12、eHP-16和eHP-36。NHV-1病毒不仅在iDNA样本中大量存在，而且在同一池塘的另一个宏基因组中也大量存在（2014年11月获得；Ramos Barbero等人）及其相应的转录组中，其分析表明NHV-1病毒的活性表达比例高于任何其他已报道的盐病毒（表2）。事实上，在发现Nanohaloarchaeota之前，几年前从CR30结晶获得的病毒转录组表明，与NHV-1密切相关的病毒是结晶微生物群落中最活跃的病毒之一。出乎意料的是，以纳米盐古菌病毒NHV-1为代表的群体比与Hqr.walsbyi相关的病毒更活跃，考虑到纳米盐古菌的丰度与“方形”古菌相比较低。如果我们考虑一些Nanohaloarchaeota对宿主的依赖性，这一事实就更有趣了，因为如果游离的纳米盐古菌不能自己分裂，病毒复制也可能受到影响。总之，所有这些数据都支持了纳米盐古细菌病毒的活性可能有助于形成CR30溶解DNA的分类组成的假设，并强调了dDNA作为一种强有力的分析工具的研究，以更好地理解环境中发生的生物过程。

结论细胞内DNA和病毒DNA是微生物分子生态学家最为关注的问题。然而，对溶解DNA组分的研究有助于阐明生态系统的动态和演化，在生态学研究中应被视为相关的。然而，分离溶解的DNA必须尽可能小心，从优化每种样品的方案开始。对于高盐水样，过滤是去除细胞的最合适策略，可避免细胞损伤和不可恢复的输出。在这里，对高盐环境（Santa Pola salterns的CR30结晶池）中的dDNA的研究表明，它由细胞和病毒DNA组成，其比例与在细胞内或病毒DNA池中发现的比例不同，并为纳米盐古菌病毒的活性提供了线索。此外，实验证据支持dDNA能够作为紫外线保护剂的新功能。

来源：健康界